1984년 5월 17일 충청남도문화재자료 제151호로 지정되었다. 칠갑산(七甲山) 남단 기슭에 자리잡고 있으며, 신라 제46대 문성왕(文聖王) 3년(841)에 혜조국사(慧詔國師)가 창건했다고 전한다. 그후 도적떼들의 노략질로 크고 작은 전각이 모두 불타고 삼존불상만 남았다.

마곡사(麻谷寺)의 인명선사(寅明禪師)가 다시 재건했으나 임진왜란 때 또 불타 버렸다. 그후 송월선사(松月禪師)가 다시 삼창(三創)했으나, 1907년 의병대와 승병들이 함께 집결한 것을 본 왜병들이 전 사찰에 불을 질렀다.

1908년 월파(月波)가 지금의 대웅전을 건립하고 삼존불상을 봉안하였다. 대웅전은 자연석으로 쌓은 기단 위에 자연석으로 주춧돌을 놓고 네모기둥을 세웠다. 정면 5칸, 측면 1칸의 팔작지붕 건물로, 앞뒤에 툇간이 있다. 가운데 3칸은 뒤쪽 툇간까지 방을 넓혀 불전으로 사용하고, 동쪽 방은 승방, 서쪽 1칸은 부엌이다. 불전과 승방 앞에는 툇마루를 깔았다. 대웅전 안에는 목조로 된 석가여래불좌상·아미타여래불좌상·약사여래불좌상의 삼존불이 봉안되어 있는데, 조선시대에 조성된 것으로 보인다.

예전에는 소속암자도 많았던 대사원이었으나, 지금은 평범한 한옥 기와집에 불과하며 이나마도 퇴락해 가고 있다. 현판의 글씨는 3.1운동의 33인 중 한 사람인 오세창(吳世昌)의 친필로, 왜병들이 불태운 정혜사와 의병들의 넋을 기린 것이다.

대웅전 옆에 있는 산신각과 뒤편에 있는 석굴암·중암(中庵)·서암(西庵) 등의 암자가 옛 고찰의 규모를 짐작하게 한다.